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Mit dem Ende seiner Karriere im Bergbau stand Gerstein vor erheblichen wirtschaftlichen Problemen. Zwar konnte er aus einer Firmenbeteiligung der Familie, aus der ihm eine monatliche Rente zustand, zunächst den Gehaltsverlust überbrücken, doch hatte er offenbar Schwierigkeiten, eine neue Stellung zu finden. Er begann im Dezember 1936 ein Medizinstudium in Tübingen, arbeitete aber auch vorübergehend immer wieder für kürzere Zeiten unter anderem im Kali-Bergbau der Wintershall AG. Im August bzw. November 1937 heiratete er Elfriede Bensch, die Schwester seines besten Freundes Alfred Bensch. Die kirchliche Trauung nahm Generalsuperintendent Dibelius, einer der führenden Gestalten der Bekennenden Kirche in Berlin-Brandenburg, vor. Im Juli 1938 wurde Gerstein erneut verhaftet und diesmal in das Konzentrationslager Welzheim verbracht. Die ausgesprochen schlechten Bedingungen der Haft ließen ihn zum ersten Mal mit dem Gedanken an Selbstmord spielen, den er dann später in französischer Internierung auch vollziehen sollte. Hintergrund dieser zweiten Verhaftung war abermals seine Arbeit in den Schülerbibelkreisen, die er gegen das atheistische Gedankengut des Nationalsozialismus immun machen wollte. In diesem Zusammenhang ist auch an die Schriftenmissionsarbeit Gersteins zu erinnern, die vor allem sich auf sexualpädagogische Fragen richtete.

Um die Jahreswende 1940/1941 vollzog sich dann eine ausgesprochen überraschende Wende in Gersteins Laufbahn; er meldete sich als Freiwilliger bei der SS und trat im März 1941 in die Waffen-SS ein. Natürlich haben seine Freunde und Bekannten diesen Schritt zunächst nicht verstanden, doch hat Gerstein schon damals ihn mit jener Absicht erläutert, die er später auch in seinem berühmten Bericht genannt hat, nämlich einen Blick hinter die Kulissen in die „Feuerofen des Bösen“ zu tun, um herauszubekommen, was wirklich geschah. Als ein zusätzliches Motiv mag auch die Ermordung einer geistig behinderten Schwägerin im Zuge des Euthanasie-Programms gelten. Gerstein erhielt eine militärische Ausbildung in Hamburg, Arnheim und Oranienburg und wurde dann zum Hygiene-Institut der Waffen-SS versetzt. Hier machte er schnell Karriere, weil sowohl seine Medizin- als auch seine praktischen Kenntnisse ihm zugute kamen. Es gelang ihm, mehrfach Fleckfieber- und Typhus-Epedemien erfolgreich zu bekämpfen. So wurde er als Chef der Abteilung „Gesundheitstechnik“ bis zum Obersturmführer befördert. Damit konnte er auch seine Familie auf eine bessere wirtschaftliche Grundlage stellen, zumal ihm inzwischen ein Sohn und eine Tochter (ein zweiter Sohn sollte noch folgen) geboren waren.


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